在實驗過程中發現，
核酸染料，采用“膠染法”的方式進行電泳，較大相對分子質量的DNA條帶出現彎曲且有“拖尾”現象，在排除電泳液、瓊脂糖凝膠質量和電壓等原因后仍未獲得較好的條帶；而用“后染法”后可獲得較好質量的DNA電泳圖。
核酸染料可以和核酸分子結合，在激發光的照射下發射熒光，從而指示核酸的位置及大致的含量。高質量DNA瓊脂糖凝膠電泳結果是亮度適中、無“拖尾”或彌散現象、條帶單一的信號。由于DNA瓊脂糖凝膠電泳所需的步驟和試劑多，任何一個環節出錯均可能導致電泳失敗。
在前期PCR產物電泳時發現，DNA分子呈條帶扭曲、不同相對分子質量的DNA條帶分界不清和出現“拖尾”現象。在降低電壓、重新配制電泳緩沖液、更換電泳儀和電泳槽、更換新批次的瓊脂糖粉末并且請經驗豐富的科研人員重復電泳過程后，均未得到良好的DNA瓊脂糖凝膠電泳結果。
核酸染料是一種以花青素母體為基礎，將苯環改良成鏈式結構的油性大分子。該染料不能穿透細胞膜進入活體細胞內，不易揮發而被吸入人體，且誘變性遠遠低于溴化乙錠，是一種安全無毒、高靈敏的全新核酸染料。核酸染料含陽離子基團，可以與DNA的陰離子基團非共價結合，在激發光照射下發出熒光，從而指示DNA的位置。
核酸染料可以影響瓊脂糖凝膠電泳時DNA條帶的質量。在排除DNA本身質量、瓊脂糖凝膠質量、電泳液質量以及電壓等因素后，若采用“膠染法”進行DNA核酸電泳時出現條帶扭曲或“拖尾”時，應考慮到核酸染料質量的問題。采用“后染法”或更換核酸染料的種類可改善DNA電泳條帶的質量。
